教育部推动「发展国际一流大学及顶尖研究中心计画」，本校继获选为第一梯次（95～96年）全国12所重点发展大学之一后，97年2月5日教育部公布第二梯次（97～99年）审议结果，本校再荣获为全国11所重点发展大学之一，亦为唯一入选的私立大学。

　　本项高等教育大型补助计画，教育部系采集中拔尖原则，依教育部对第一梯次入选之12所学校执行成效考评结果，两年成绩至少为一年优等及一年良等之学校有7所，本校为其中之一；显示本校在全体教职员生努力之下，于分子医学研究领域以及提升整体教学研究方面，已获相当程度之肯定。

　　本计画第二梯次之审议，教育部经再增加〝区域均衡发展〞以及〝人文社会学科〞发展的因素，属政府对国内高等教育资源配置之政策考量，本校再次获选为补助之重点学校，仍将秉持既有之办学理念，持续追求学术卓越，迈向顶尖。