当前全校设置有医学、工学、管理等三个学院。大学部现有：医学系、中医学系、护理学系（四年制大学部、二年制在职进修专班）、医学生物技术暨检验学系、医学图象暨放射科学系、职能治疗学系、物理治疗学系、呼吸照护学系（二年制在职进修专班）、生命科学系、电机工程学系（分为通讯组及系统组）、机械工程学系、化工与材料工程学系、电子工程学系、信息工程学系、医务管理学系、工商管理学系、工业设计学系、信息管理学系。研究所包括：护理学研究所（硕士班、硕士在职专班）、基础医学研究所（硕、博士班）、临床医学研究所（硕、博士班）、天然药物研究所（硕士班）、传统中国医学研究所（硕士班）、医学生物技术研究所（硕士班）、 复健科学研究所（硕士班）、 临床行为科学研究所（硕士班）、颅颜口腔医学研究所（硕士班）、电机工程研究所（硕、博士班）、机械工程研究所（硕、博士班）、化工与材料工程研究所（硕、博士班、硕士在职专班）、电子工程研究所（硕、博士班、硕士在职专班）、信息工程研究所（硕士班）、光电工程研究所（硕士班）、生化与生医工程研究所（硕士班）、 医疗机电工程研究所（硕士班）、医务管理研究所（硕士班）、信息管理研究所（硕士班、硕士在职专班）、企业管理研究所（硕、博士班、硕士在职专班）、工业设计研究所（硕士班）。现有专任教师约四百九十余人、兼任教师约三百四十余人、学生六千一百余人。

    自创校以来，本校即以提升教学与研究水平为努力目标。除不断从国内外遴聘专家学者来校任教，提供优良的教学、研究环境外，并积极参与国科会、国家卫生研究院等国家科技之研究计画；另为养成学生「勤劳朴实」之美德及达到理论与实务兼备之目的，本校实施学生校外实习制度，并与长庚纪念医院、台塑关系企业及其他机构密切地进行建教合作专案，以加速此一目标之达成。

    本校校务发展目标，将由当前之教学型大学，朝向具有重点特色的研究型大学之目标迈进。今后本校仍将在师资、设备与教学等软硬件方面继续充实改进，加强学生人文素养的培养，并结合台塑集团丰富产业与医疗资源，冀望发展成为一个具有自我特色且是培育医学、高科技与知识管理高档专业人才之大学。